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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
11/10/2016 |
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Data da última atualização: |
09/02/2023 |
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Autoria: |
BARBOSA, E. M. |
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Título: |
Polimorfismo na região promotora, éxon I e éxon II do gene do receptor da melatonina associadas às características reprodutivas em búfalas na Amazônia. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
2015. |
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Páginas: |
56 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará, Belém, PA. |
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Conteúdo: |
A produção de bubalinos no Estado do Pará é uma atividade de alta representatividade para a economia regional e produção de carne, leite e derivados. Portanto, é necessário desenvolver
novas tecnologias que aumente o desfrute da produção e reprodução de bu balinos na região Amazônica. Sendo assim, os objetivos desta tese de pesquisa foram caracterizar a região
promotora do gene do receptor da melatonina I A (MTRNIA) e identificar polimorfismos nos éxons I e 11 do referido gene e associá-los a características reprodutivas de relevância
econômica em búfalas na região Amazônica. Foram coletados amostras de pelos de 400 búfalas e foram usados 60 animais para caracterização da região promotora, 140 para detectar
o polimorfismo (SNPs) no éxon II e 77 para detectar o polimorfismo no éxon l. Foi realizada a extração de DNA pelo método fenólico. Em seguida selecionaram-se os diferentes
iniciadores para realizar as reações em cadeia da polimerase (PCR). A região promotora do MTRN1A foi sequenciada em um total de 1621 pares de base pelo método de Sanger, o
polimorfismo no éxon II foi detectado através da técnica de PCR-RFLP (Polimorfismo de restrição de comprimento de fragmentos) com a enzima HpaI e o polimorfismo no éxon I foi
detectado através do sequenciamento de DNA pelo método Sanger. Foram avaliadas as frequências alélicas e genotípicas de todos os SNPs, os coeficientes de endocruzamento (Fis)
e as probabilidades de Hardy- Weinberg. Os SNPs da região promotora e do éxon I foram associados com características reprodutivas das búfalas pelo ANOVA, ou teste t de Student
e/ou teste qui-quadrado. O nível de significância foi de 0,05. Foram detectados 26 SNPs na região promotora nas posições -1511 (C-T), -1465 (G-T), -1422 (A-G), -1411 (G-A), -
1395 (G-T), -1298 (A-G), -1295(G-A), -1242 (A-C), -1150 (C-T), -1147 (G-C), - 1136(A-G), -911 (G-A), -909 (A-G), -724 (C-G), -656 (A-C), -649 (T-C), -644 (G-A), -511 (A-C), -481 (G-A), -425 (C-T), -395 (G-A), -383 (G-T), -254 (C-T),- 206 (T-C), -133 (T-G) e -94 (C-T) e um bloco de deleção (ACAA) na posição -1483. Do total de S Ps detectados, 75% dos alelos selvagens tiveram frequências maiores que 0,5. Para a característica Intervalo entre Parto (lEP), somente cinco S Ps (-1298, -1136, -911, -724 e - 656) foram significativamente associados (P<0,05) e outros três SNPs (-1395, -724 e -94) foram associados significativamente (P<0,05) com a característica Idade ao Primeiro Parto (IPP) e nenhum para a característica concentração de partos (P>0,05). Um total de II SNPs foi fortemente associado a fatores de ligação para a regulação gênica. O SNP no éxon 11 por PCR-RFLP (HpaI) na posição 306 de (T -C), sendo o alelo T mais frequente nos animais de Terra Firme (0,529) e o C em animais de Várzea, as duas populações apresentaram coeficientes de endocruzamento Fis (0,040 e 0,091, respectivamente) e fortes desvios de Hardy- Weinberg (P>0,05). A mutação ocorre no ] 06° codon e é do tipo sinonímia sem alteração da estrutura de alças do RNA mensageiro. O SNP no éxon I foi detectado na posição
62 (T ~C) do tipo não sinonímio, trocando de Leucina para Prolina. O alelo mutante C foi o mais frequente (0,623), coeficiente de endocruzamento Fis=0,397 e desvios de Hardy- Weinberg (P<0,05). enhum dos genótipos foram associados ao intervalo entre partos e a idade do primeiro parto (P>0,05). Portanto, os SNPs são fortes candidatos para seleção, mas seria interessante avaliá-los em outros rebanhos na região Amazônica e/ou em outras regiões do Brasil e/ou em outros países para efetivá-Ios como excelentes marcadores moleculares para características reprodutivas de bubalinas. MenosA produção de bubalinos no Estado do Pará é uma atividade de alta representatividade para a economia regional e produção de carne, leite e derivados. Portanto, é necessário desenvolver
novas tecnologias que aumente o desfrute da produção e reprodução de bu balinos na região Amazônica. Sendo assim, os objetivos desta tese de pesquisa foram caracterizar a região
promotora do gene do receptor da melatonina I A (MTRNIA) e identificar polimorfismos nos éxons I e 11 do referido gene e associá-los a características reprodutivas de relevância
econômica em búfalas na região Amazônica. Foram coletados amostras de pelos de 400 búfalas e foram usados 60 animais para caracterização da região promotora, 140 para detectar
o polimorfismo (SNPs) no éxon II e 77 para detectar o polimorfismo no éxon l. Foi realizada a extração de DNA pelo método fenólico. Em seguida selecionaram-se os diferentes
iniciadores para realizar as reações em cadeia da polimerase (PCR). A região promotora do MTRN1A foi sequenciada em um total de 1621 pares de base pelo método de Sanger, o
polimorfismo no éxon II foi detectado através da técnica de PCR-RFLP (Polimorfismo de restrição de comprimento de fragmentos) com a enzima HpaI e o polimorfismo no éxon I foi
detectado através do sequenciamento de DNA pelo método Sanger. Foram avaliadas as frequências alélicas e genotípicas de todos os SNPs, os coeficientes de endocruzamento (Fis)
e as probabilidades de Hardy- Weinberg. Os SNPs da região promotora e do éxon I... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Búfalas; Éxon I; Éxon II; Melatonina. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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520 $aA produção de bubalinos no Estado do Pará é uma atividade de alta representatividade para a economia regional e produção de carne, leite e derivados. Portanto, é necessário desenvolver novas tecnologias que aumente o desfrute da produção e reprodução de bu balinos na região Amazônica. Sendo assim, os objetivos desta tese de pesquisa foram caracterizar a região promotora do gene do receptor da melatonina I A (MTRNIA) e identificar polimorfismos nos éxons I e 11 do referido gene e associá-los a características reprodutivas de relevância econômica em búfalas na região Amazônica. Foram coletados amostras de pelos de 400 búfalas e foram usados 60 animais para caracterização da região promotora, 140 para detectar o polimorfismo (SNPs) no éxon II e 77 para detectar o polimorfismo no éxon l. Foi realizada a extração de DNA pelo método fenólico. Em seguida selecionaram-se os diferentes iniciadores para realizar as reações em cadeia da polimerase (PCR). A região promotora do MTRN1A foi sequenciada em um total de 1621 pares de base pelo método de Sanger, o polimorfismo no éxon II foi detectado através da técnica de PCR-RFLP (Polimorfismo de restrição de comprimento de fragmentos) com a enzima HpaI e o polimorfismo no éxon I foi detectado através do sequenciamento de DNA pelo método Sanger. Foram avaliadas as frequências alélicas e genotípicas de todos os SNPs, os coeficientes de endocruzamento (Fis) e as probabilidades de Hardy- Weinberg. Os SNPs da região promotora e do éxon I foram associados com características reprodutivas das búfalas pelo ANOVA, ou teste t de Student e/ou teste qui-quadrado. O nível de significância foi de 0,05. Foram detectados 26 SNPs na região promotora nas posições -1511 (C-T), -1465 (G-T), -1422 (A-G), -1411 (G-A), - 1395 (G-T), -1298 (A-G), -1295(G-A), -1242 (A-C), -1150 (C-T), -1147 (G-C), - 1136(A-G), -911 (G-A), -909 (A-G), -724 (C-G), -656 (A-C), -649 (T-C), -644 (G-A), -511 (A-C), -481 (G-A), -425 (C-T), -395 (G-A), -383 (G-T), -254 (C-T),- 206 (T-C), -133 (T-G) e -94 (C-T) e um bloco de deleção (ACAA) na posição -1483. Do total de S Ps detectados, 75% dos alelos selvagens tiveram frequências maiores que 0,5. Para a característica Intervalo entre Parto (lEP), somente cinco S Ps (-1298, -1136, -911, -724 e - 656) foram significativamente associados (P<0,05) e outros três SNPs (-1395, -724 e -94) foram associados significativamente (P<0,05) com a característica Idade ao Primeiro Parto (IPP) e nenhum para a característica concentração de partos (P>0,05). Um total de II SNPs foi fortemente associado a fatores de ligação para a regulação gênica. O SNP no éxon 11 por PCR-RFLP (HpaI) na posição 306 de (T -C), sendo o alelo T mais frequente nos animais de Terra Firme (0,529) e o C em animais de Várzea, as duas populações apresentaram coeficientes de endocruzamento Fis (0,040 e 0,091, respectivamente) e fortes desvios de Hardy- Weinberg (P>0,05). A mutação ocorre no ] 06° codon e é do tipo sinonímia sem alteração da estrutura de alças do RNA mensageiro. O SNP no éxon I foi detectado na posição 62 (T ~C) do tipo não sinonímio, trocando de Leucina para Prolina. O alelo mutante C foi o mais frequente (0,623), coeficiente de endocruzamento Fis=0,397 e desvios de Hardy- Weinberg (P<0,05). enhum dos genótipos foram associados ao intervalo entre partos e a idade do primeiro parto (P>0,05). Portanto, os SNPs são fortes candidatos para seleção, mas seria interessante avaliá-los em outros rebanhos na região Amazônica e/ou em outras regiões do Brasil e/ou em outros países para efetivá-Ios como excelentes marcadores moleculares para características reprodutivas de bubalinas.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
11/07/2013 |
|
Data da última atualização: |
02/08/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
OLIVEIRA, L. R.; RODRIGUES, E. P.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, A. L. M.; HUNGRIA, M. |
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Afiliação: |
LUCIANA RUANO OLIVEIRA, UEL; ELISETE PAINS RODRIGUES, UEL; FRANCISMAR CORREA MARCELINO-GUIMARÃES, CNPSO; ANDRÉ LUIZ MARTINEZ OLIVEIRA, UEL; MARIANGELA HUNGRIA, CNPSO. |
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Título: |
Fast induction of biosynthetic polysaccharide genes lpxA, lpxE, and rkpI of Rhizobium sp. strain PRF 81 by common bean seed exudates is indicative of a key role in symbiosis. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Functional & Integrative Genomics, v. 13, n. 2, p. 275-283, Jun. 2013. |
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ISSN: |
1438-7948 |
|
DOI: |
10.1007/s10142-013-0322-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Rhizobial surface polysaccharides (SPS) are, together with nodulation (Nod) factors, recognized as key molecules for establishment of rhizobia?legume symbiosis. In Rhizobium tropici, an important nitrogen-fixing symbiont of common bean (Phaseolus vulgaris L.), molecular structures and symbiotic roles of the SPS are poorly understood. In this study, Rhizobium sp. strain PRF 81 genes, belonging to the R. tropici group, were investigated: lpxA and lpxE, involved in biosynthesis and modification of the lipid-A anchor of lipopolysaccharide (LPS), and rkpI, involved in synthesis of a lipid carrier required for production of capsular polysaccharides (KPS). Reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) analysis revealed, for the first time, that inducers released from common bean seeds strongly stimulated expression of all three SPS genes. When PRF 81 cells were grown for 48 h in the presence of seed exudates, twofold increases (p < 0.05) in the transcription levels of lpxE, lpxA, and rkpI genes were observed. However, higher increases (p < 0.05) in transcription rates, about 50-fold for lpxE and about 30-fold for lpxA and rkpI, were observed after only 5 min of incubation with common bean seed exudates. Evolutionary analyses revealed that lpxA and lpxE of PRF81 and of the type strain of R. tropici CIAT899Tclustered with orthologous Rhizobium radiobacter and were more related to R. etli and Rhizobium leguminosarum, while rkpI was closer to the Sinorhizobium sp. group. Upregulation of lpxE, lpxA, and rkpI genes suggests that seed exudates can modulate production of SPS of Rhizobium sp. PRF81, leading to cell wall changes necessary for symbiosis establishment. MenosAbstract: Rhizobial surface polysaccharides (SPS) are, together with nodulation (Nod) factors, recognized as key molecules for establishment of rhizobia?legume symbiosis. In Rhizobium tropici, an important nitrogen-fixing symbiont of common bean (Phaseolus vulgaris L.), molecular structures and symbiotic roles of the SPS are poorly understood. In this study, Rhizobium sp. strain PRF 81 genes, belonging to the R. tropici group, were investigated: lpxA and lpxE, involved in biosynthesis and modification of the lipid-A anchor of lipopolysaccharide (LPS), and rkpI, involved in synthesis of a lipid carrier required for production of capsular polysaccharides (KPS). Reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) analysis revealed, for the first time, that inducers released from common bean seeds strongly stimulated expression of all three SPS genes. When PRF 81 cells were grown for 48 h in the presence of seed exudates, twofold increases (p < 0.05) in the transcription levels of lpxE, lpxA, and rkpI genes were observed. However, higher increases (p < 0.05) in transcription rates, about 50-fold for lpxE and about 30-fold for lpxA and rkpI, were observed after only 5 min of incubation with common bean seed exudates. Evolutionary analyses revealed that lpxA and lpxE of PRF81 and of the type strain of R. tropici CIAT899Tclustered with orthologous Rhizobium radiobacter and were more related to R. etli and Rhizobium leguminosarum, while rkpI was closer to the Si... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Feijão. |
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